La sede principale del Dipartimento di Scienze Veterinarie (Ex Facoltà di Medicina Veterinaria) è stata inaugurata nel 1965 e si trova a Pisa in Viale delle Piagge 2. Il 1 marzo 2000 è stato inaugurato a San Piero a Grado il primo lotto della sede del  Dipartimento di Clinica Veterinaria: il progetto prevede di trasferire l'intero Dipartimento di Scienze Veterinarie a seguito della costruzione di nuovi edifici. Attualmente nella sede di San Piero a Grado è operante l'Ospedale Didattico Veterinario (ODV). Oltre a queste due sedi principali, esiste un'altra sede distaccata (il Podere delle Querciole). La sede di Pisa può essere raggiunta in auto, Autostrada A12 - uscita Pisa centro, o in treno, Stazione di Pisa Centrale,  ed autobus (linee n. 9  e n. 14) o a piedi (circa 15-20 minuti).

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