La sede principale della Dipartimento di Scienze Veterinarie (Ex Facoltà di Medicina Veterinaria) fu inaugurata nel 1965 e si trova a Pisa in Viale delle Piagge 2. Il 1 marzo 2000 fu inaugurato a San Piero a Grado il primo lotto della sede del  Dipartimento di Clinica Veterinaria: il progetto prevede di trasferire l'intero Dipartimento di Scienze Veterinarie a seguito della costruzione di nuovi edifici. Attualmente nella sede di San Piero a Grado è operante l'Ospedale didattico veterinario. Oltre a queste due sedi principali, esiste un'altra sede distaccata (il Podere delle Querciole) ed un Centro Interdipartimentale di ricerche agro-ambientali (CIRAA). La sede di Pisa può essere raggiunta in auto, Autostrada A12 - uscita Pisa centro, o in treno, Stazione di Pisa Centrale,  ed autobus (linee n. 9  e n. 14) o a piedi (in circa 15-20 minuti).